De blauwe kubus in Cube Runner overwint obstakels op weg naar de finish en jouw taak is om te voorkomen dat hij in botsing komt met de rode kubus - dit is zijn meest verschrikkelijke vijand. Contact ermee zal je uit het level schoppen. De resterende blokken kunnen worden verplaatst en met hun hulp kun je de vijand van de weg verwijderen.