Het piratenmeisje ontdekte waar de verborgen schatten zich op het pirateneiland bevonden en besloot ze mee te nemen in Mysterious Pirate Jewels 3. Ze vond de kisten snel, maar het bleek dat ze de kostbare kristallen niet zomaar kon pakken. Het is noodzakelijk om drie of meer identieke stenen in de buurt te verzamelen en de achtergrond waarop ze zich bevinden te vernietigen. De tijd is beperkt in Mysterious Pirate Jewels 3-niveaus.