Kleine monsters die eruitzien als kubussen die door het bos lopen, vielen in een magische val. Nu zijn ze verzegeld in een vierkante ruimte en in het spel Funky Cube Monsters moet je ze helpen vrij te komen. Om dit te doen, moet u hun locatie zorgvuldig onderzoeken. Zoek naar monsters van dezelfde kleur die naast elkaar liggen. U moet er een enkele rij van drie items uit vormen. Zodra je zo'n lijn instelt, verdwijnen de monsters van het scherm en krijg je een bepaald aantal punten.